Francisco foi preso em agosto de 2020 durante a Operação Falso Negativo. A investigação abarcou ilicitudes na aquisição de testes rápidos para detecção da covid-19 para a rede pública de saúde local.
O depoente optou por não fazer o juramento de dizer a verdade ao responder todos os questionamentos dos senadores, e disse que vai seguir os limites do habeas corpus concedido pelo Supremo Tribunal Federal (STF).
Na bateria de perguntas iniciais do relator da CPI, senador Renan Calheiros (MDB-AL), Francisco declarou que foi convidado pelo próprio governador de Brasília, Ibaneis Rocha (MDB), para assumir o cargo de secretário de saúde, alegando ter sido indicado ao cargo de forma técnica.
O ex-secretário também negou ter conhecido outros personagens que estão na mira da CPI, como o líder do governo na Câmara, deputado Ricardo Barros (PP-PR), e descartou ter qualquer relação com o Partido Progressista, embora conheça pessoas da sigla.
